作为深入行政体制改革的重要步骤，大部制改革的关键不是最终设置了哪些部门，而是政府职能的改变。

　　“相对于建立有效有限可问责的服务型政府这一最终目标，坊间热议的‘大部制’只是手段和过程而已。无论大部还是小部，只要能多快好省地为纳税人提供服务就是好部。”——《南方周末》的评论一语中的。而“大部制改革为行政管理体制改革指明了方向，但改革也将面临不少挑战，其中最大的阻力仍然是多年来被强化了的部门利益”。——《半月谈》的这篇文章也点到了痛处。

　　彻底打破部门利益，一时半会儿不太可能，改革总是在艰难中摸索前行，制度的设计也永远不可能完美无缺。在提高行政效率、降低行政成本方面，“大部制”迈出了重要的一步，但权力的集中和整合，也对权力的约束和监督提出了更大挑战。

　　如有关学者所说，实行“大部制”管理后，一个部门的权力更大了，能不能建立起有效的权力约束机制，按照“决策、执行、监督”的改革思路，重构政府权力结构和政府的运行机制就至关重要。

　　此前的媒体社论也指出：“大部制”的到来，部门合并造成的“强强联合”，是否会在权力高地上再堆起一个更高更强大的“超级行政部门”？对此，有人担心，届时“关键大部”很强很庞大，一旦监管不善，不仅一如现在个别部门般对下漠视民意，甚至对上也会自视“老大”。

　　从长期以来的讨论可以看出，舆论在对“大部制”寄予厚望的同时，也对“权力扩张”保持警惕。

　　如果只要权力，不担责任，机构改革就没有实际意义。民众关心的不只是权力分配，更是权力的合理行使和有效监督。相比于机构设置、权力整合，公众更关心权力部门能否担起责任，解决实际问题。

　　可能对民众而言，有哪个部没哪个部并不重要，他们需要的是政府能够给提供良好的社会服务。实现这一点，责权利必须明晰，权力的运行必须进行有效监督。有权无责，为民众提供的公共服务肯定不到位；权力过大，公民的权利就会受到侵犯；权力不受制约，必然以权谋私、贪污腐败。

　　权为民用。“大部制”强化的应该是政府服务和责任，而非权力的扩张。