根据新一轮国务院机构改革方案，原交通部、中国民用航空总局、国家邮政局以及建设部指导城市客运的职能将合并，组建成立新的交通运输部。
接近交通部的人士告诉《财经》记者，未来的交通运输部将下设国家民用航空局、国家邮政局，同时很可能另设数个子局，分管公路、水运等，局长均由副部长兼任。
此次大交通部的设立，旨在打通多个交通领域，统筹管理，发展综合运输。但另一重要运输系统的管理机构铁道部意外“保留”，被业界普遍认为是此次“大交通部”组建的最大遗憾。
据北京交通大学教授荣朝和称，此次大部门体制研究过程中，业界专家学者广泛参与讨论，对于运输部设计形成“快、中、慢”三套方案，其中，“快”方案又分成“一步到位”和“分步到位”两种。但无论是“一步到位”还是“分步到位”，都要求将铁道部合并到新的交通运输部中，差别只在于：“一步到位”是指近期就将所有运输部门全部合并，并同时完成铁路政企分开；“分步到位”则先行整合公路、水运、民航和城市交通等部门，铁道部限期整改后并入。
从最终机构改革方案看，交通运输部的组建选择了成立运输部的“快方案”，而没有选择成立由国务院副总理领衔的交通委员会或维持现状的“中慢方案”。这表明了中国新一届政府对于大力发展综合运输体系和加强对交通运输实行统一规范监管的重视，但在对待铁道部问题上则显得偏于保守。
业内观察家指出，文件中涉及铁道部的内容为：“保留铁道部，继续推进改革。”方案中既没有提及铁道部未来如何改革，也未对其未来是否并入交通运输部，以及及何时并入、如何并入做出具体说明。
《财经》记者从业内获悉，支持保留铁道部的一种观点认为，铁路目前正在进行大规模新线建设，铁道部维持政企合一的体制有利于中国大规模开展铁路新线建设。
但在业内主流声音看来，铁道部政企不分的体制缺陷正是目前铁路引资的最大障碍，这种既当运动员又当裁判员的格局，并不利于推进中国铁路建设的发展。
北京交通大学教授赵坚撰文指出，对于铁路新线建设项目中市场前景好的项目，其他国有资本和社会资本都愿意进入，但政企不分的铁路运输管理体制，构成了社会资本进入铁路的巨大障碍；
对于西部国土开发型和关系国家安全的铁路建设项目，由于是国家财政出资，这些新线建设并不会因为铁道部实行政企分开而受到影响；而那些时速300公里以上的高速客运专线项目，如果转由铁路区域公司或铁路运输总公司承担投资的盈亏责任，部分市场前景和盈利性不好线路必然会暂缓建设。“这些新线建设项目受到影响，不过是使已经存在的问题早一些暴露。” 赵坚说。
在赵坚看来，“认为铁道部政企不分有利于铁路新线建设的看法，存在一个极为关键的误区，即低估了政企不分体制中预算软约束问题在铁路新线建设中的严重性。”
铁路业内资深专家荣朝和则认为，即使是为了更好的发展中国的铁路建设，也应尽快将铁路纳入综合运输监管体系。荣朝和指出，由于每种运输方式都有内在优势和利益集团支持，如果任由其单独发展，容易忽视综合枢纽的规划、建设以至运营，影响总体效率，甚至对社会经济运行造成不利后果。
以往，由于各种运输方式分属不同部门管理，相互之间缺乏有效衔接，争方案、争资金和重复建设等问题比比皆是。
以铁路和公路这两种主要的运输方式为例，各自规划的枢纽大多是“自立山头”，相互之间换乘不便，大大增加人流和物流成本；在山区以及其他地质条件较差的地区，公路与铁路为争夺有限的通道资源，抢先修建、互相扯皮的情况屡屡发生。
“运输系统日益发展的综合性和复杂性使得政府必须在更高层次上设立综合性运输主管机构，制定综合运输政策与规划。”荣朝和指出。
其实，早于中央政府层面的大部门制，一些地方政府已经意识到交通运输“诸侯割据”的弊端，纷纷组建综合交通管理部门。2005年6月起，江苏交通厅逐步将港口、铁路和航空产业的建设和管理职能纳入，初步形成“大交通”管理体制。国家行政学院教授王伟告诉《财经》记者，江苏省此举的目的即在于降低运输成本，让交通更好地为经济发展服务。
公众对交通运输实施大部门体制之期待，在于减少权责交叉、理顺管理体系，从而提高综合运输行政效率与服务水准。另一方面，铁道部作为中国惟一一个政企不分的部门，亦早成改革焦点。
春运期间一票难求的局面，以及此番雪灾中南方铁路路网严重瘫痪等问题，都加深了公众对于铁道部改革的期待。这种期待将在何时变成现实，将是未来交通运输部顺利运行之后留下的最大悬念。
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